コアサイト
| サイト略称 | サイト名 | 組織名 | 生態系タイプ | 登録日 |
| 赤津 | 赤津研究林白坂南谷・北谷小流域 | 東京大・演習林 | 森林 | 2006-12 |
| 厚岸 | 厚岸湖・厚岸湾 | 北大・北方生物圏セ・厚岸臨海 | 海洋 | 2006-12 （2009-03に準サイトから変更） |
| 綾 | 綾リサーチサイト | 森林総研 | 森林 | 2006-12 |
| 淡路島 | 淡路島 | 神戸大・内海域センター | 海洋 | 2006-12 |
| 芦生 | 芦生研究林 | 京都大・フィールド科学教育科学センター | 森林 | 2017-04 |
| 小川 | 小川試験地 | 森林総研 | 森林 | 2006-12 |
| カヌマ沢 | カヌマ沢渓畔林試験地 | 秋田県立大学、森林総研 | 森林 | 2006-12 |
| 霞ヶ浦 | 霞ヶ浦トレンドモニタリングステーション | 国立環境研 | 湖沼 | 2006-12 |
| 粕屋 | 粕屋森林サイト | 九州大・演習林 | 森林 | 2006-12 |
| 白浜 | 白浜 | 京都大・瀬戸臨海 | 海洋 | 2006-12 |
| 相模湾 | 相模湾（深海） | 海洋研究開発機構 | 海洋（深海） | 2010-03 |
| 宍道湖・中海 | 斐伊川水系宍道湖・中海 | 島根大・エスチュアリー研究センター | 湖沼 | 2006-12 |
| 菅平 | 菅平サイト | 筑波大・菅平センター | 森林・草原 | 2008-03 |
| 瀬戸内海西 | 瀬戸内海西部周防灘干潟・安芸灘海草藻場 | 瀬戸内水研藻場干潟研 | 海洋 | 2006-12 （2009-03に準サイトから変更） |
| 瀬底 | 瀬底島周辺海域 | 琉球大・熱帯生物圏研究センター | 海洋 | 2011-03 |
| 高山 | 高山サイト | 岐阜大・流域圏科学研究センター | 森林 | 2006-12 |
| 秩父 | 秩父冷温帯落葉広葉樹天然林 | 東京大・演習林 | 森林 | 2006-12 |
| 苫小牧 | 苫小牧研究林 | 北大・北方生物圏セ・苫小牧 | 森林 | 2006-12 |
| 北海道北 | 北海道北研究林 | 北大・北方生物圏セ・北管理部 | 森林 | 2006-12 |
| 与那 | 与那 | 琉球大・亜熱帯フィールド科学教育研究センター | 森林 | 2006-12 |
| 和歌山 | 和歌山研究林 | 京都大・和歌山研究林 | 森林 | 2006-12 |
準サイト
| サイト略称 | サイト名 | 組織名 | 生態系タイプ | 登録日 |
| 足寄 | 足寄森林サイト | 九州大・演習林 | 森林 | 2006-12 |
| 阿蘇 | 九州沖縄農業研究センター阿蘇高原施設 | 草地動態研究グループ | 草地 | 2006-12 |
| 大山沢 | 大山沢渓畔林試験地 | 大山沢プロ | 森林 | 2006-12 |
| 大槌湾 | 大槌湾 | 東京大・海洋研国際沿岸センター | 海洋 | 2006-12 |
| 鹿児島湾 | 鹿児島湾 | 鹿大・水産・海洋センター | 海洋 | 2009-03 |
| 神津 | 財団法人神津牧場 | 草地動態研究グループ | 草地 | 2006-12 |
| 上名川 | 山形大学演習林 | 山形大学演習林 | 森林 | 2012-03 |
| 川渡 | 川渡旧IBP特別研究調査地 | 草地動態研究グループ | 草地 | 2006-12 |
| 北浦 | 北浦サイト | 茨城大・広域水圏環境科学教育研究センター | 湖沼 | 2016-05 |
| 北苫小牧 | 苫小牧広葉樹試験地 | 森林総研北支 | 森林 | 2006-12 |
| 桐生 | 桐生試験地 | 京都大・森林水文 | 森林 | 2006-12 |
| 木曽川 | 木曽川 | 京大生態研 | 湖沼 | 2010-03 |
| 金目川 | 金目川在所平 | 宇都宮大・育林学研 | 森林 | 2008-03 |
| 草木 | 草木長期生態学調査地 | 東京農工大FSセンターFM草木 | 森林 | 2006-12 |
| 剣丸尾 | 富士吉田剣丸尾アカマツ林サイト | 山梨県環境科学研究所 | 森林 | 2010-03 |
| 古座川 | 南紀古座川 | 北大・北方生物圏セ・和歌山研究林 | 森林 | 2018-05 |
| 小湊 | 小湊実験場 | 千葉大・海洋バイオ・小湊 | 海洋 | 2006-12 |
| 佐渡 | 佐渡ステーション | 新潟大・FC | 森林 | 2008-03 |
| 三瓶山 | 三瓶山生態観測試験地 | 草地動態研究グループ | 草地 | 2006-12 |
| 椎葉 | 椎葉森林サイト | 九州大・演習林 | 森林 | 2006-12 |
| 高原山 | 高原山尚仁沢 | 宇都宮大・育林学研 | 森林 | 2008-03 |
| 田野 | 田野常緑広葉樹二次林サイト | 宮崎大・田野フィールド | 森林 | 2006-12 |
| 多摩 | FM多摩プロット | 東京農工大学FSセンターFM多摩丘陵 | 森林 | 2006-12 |
| 銚子 | 銚子実験場 | 千葉大・海洋バイオ・銚子 | 海洋 | 2006-12 |
| 洞爺湖 | 洞爺湖 | 北大・北方生物圏セ・洞爺 | 湖沼 | 2006-12 |
| 永浦 | 永浦 | 熊本大・沿岸セ・合津 | 海洋 | 2009-03 |
| 八甲田 | 八甲田山サイト | 東北大八甲田山研究グループ | 森林 | 2012-03 |
| 羊ヶ丘 | 札幌羊ヶ丘実験林 | 森林総研北支 | 森林 | 2011-03 |
| ひなの原 | ひなの原生態観測試験地 | 草地動態研究グループ | 草地 | 2006-12 |
| 琵琶湖 | 琵琶湖 | 京大生態研・滋賀県琵琶湖環境科学研究センター | 湖沼 | 2010-03 |
| 袋山 | 袋山沢試験流域 | 東京大千葉演・東京大砂防 | 森林 | 2008-03 |
| 富士北麓 | 富士北麓フラックス観測サイト | 国立環境研 | 森林 | 2006-12 |
| 藤荷田山 | 藤荷田山生態観測試験地 | 草地動態研究グループ | 草地 | 2006-12 |
| 舞鶴 | 舞鶴水産実験所 | 京都大・フィールド研 | 海洋 | 2006-12 |
| 真瀬 | 真瀬水田フラックスサイト | 農環研 | 水田 | 2011-03 |
| 嶺北 | 嶺北フィールド | 高知大・フィールドサイエンスセンター | 森林 | 2006-12 |
| 山城 | 山城試験地 | 森林総研 | 森林 | 2011-03 |